色譜柱在吸附樣品時，樣品中所含有的鹽、脂質、疏水蛋白質和其它一些生物物質都有可能與色譜柱發生相互作用，一些保留值較小的物質如鹽類比較容易被沖出色譜柱，而另一些保留性較強的組分，流動相溶液不足以把這些物質洗脫下來，多次上樣后，這些吸附在柱子表面的物質通常就會積累在柱頭。
色譜柱是液相色譜的心臟，在液相色譜儀的使用中，保持色譜柱的柱效、容量和滲透特性，延長柱子的使用壽命非常重要。盡管經過數十年的發展,出現了各種各樣的色譜柱，如制備柱、分析柱和各種微型柱，但色譜柱主體上仍由柱體、柱內填料和兩端的接頭組成。由于使用了填料，并不需要很長的柱長，常規分析柱多為15~30 cm的直型柱。由于液相色譜柱要承受系統高壓,所以柱體一般選用金屬材質。大部分色譜柱的接頭為通用尺寸，可互換使用。
色譜柱的正確使用和維護十分重要，稍有不慎就會降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。在色譜操作過程中，需要注意下列問題，以維護色譜柱。
1、避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩(如前所述)。
2、應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。
3、一般說來色譜柱不能反沖，只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質。否則反沖會迅速降低柱效。
4、選擇使用適宜的流動相(尤其是pH)，以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一預柱， 分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠"飽和"，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。
5、經常用強溶劑沖洗色譜柱，清除保留在柱內的雜質。在進行清洗時，對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右。
通常，色譜柱沖洗就是把色譜柱上的臟東西和對色譜柱有損壞的東西沖出來，并且保存在合適的溶劑中；還有另一種情況，也可以算作沖洗的范疇，就是梯度方法間重新平衡
色譜柱的過程。
